Cuatro meses antes de cumplir los 51 años y cuando faltan 50 días justos para las elecciones autonómicas y municipales, Zapatero ha confirmado los pronósticos que apuntaban al relevo y ha anunciado su retirada. Por sólo nueve votos de diferencia con el preferido de todas las quinielas, José Bono, Zapatero fue elegido secretario general del PSOE, en el XXXV Congreso Federal, el 22 de julio de 2000. El Comité Federal del PSOE apoyó por unanimidad en septiembre de 2002 su candidatura a presidente del Gobierno en las elecciones generales de 2004. Comicios que ganó el Gobierno socialista el 14 de marzo de 2004. Una de las primeras medidas que tomó el Gobierno de Zapatero se produjo el 18 de abril cuando ordenó el regreso de las tropas españolas que estaban en Irak. Durante su primer año de Gobierno Zapatero paralizó la Ley Orgánica de Calidad de la Educación, modificó el Plan Hidrológico Nacional y derogó el trasvase del Ebro. Además, su Gobierno propuso en la ONU una "Alianza de Civilizaciones" y aprobó la ley integral de medidas contra la violencia de género y el reglamento de extranjería. El Congreso aprobó en junio la reforma de la ley del divorcio y la ley del matrimonio homosexual.
Reformas consecutivas
El 1 enero de 2006 entró en vigor la ley antitabaco. En julio de ese año, entró en vigor el carné de conducir por puntos. En noviembre, se aprobó la ley de dependencia y ese mismo año se anunció el inicio del diálogo con ETA, tras el "alto el fuego permanente" por parte de la banda terrorista el 22 de marzo. Tras el atentado de la T4 de Barajas, el 30 de diciembre de 2006 suspendió todas las iniciativas de diálogo con ETA. En 2007 se aprobó la ley de igualdad y la ley de memoria histórica. El 9 de marzo de 2008 ganó por segunda vez las elecciones generales.
Zapatero se reunió en abril, en Praga, con el presidente estadounidense, Barack Obama, el primer encuentro en cinco años entre los máximos mandatarios de ambos países. En plena Semana Santa, acometió una remodelación del Gobierno, en la que sustituyó a Pedro Solbes por Elena Salgado. Manuel Chaves dejó la Junta de Andalucía y fue nombrado vicepresidente tercero. También entró en el Gobierno su "mano derecha" en el PSOE, José Blanco, como ministro de Fomento. Se aprobarón ayudas al sector financiero con la creación del fondo de reestructuración ordenada bancaria. El 12 de mayo de 2010 Zapatero anunció una serie de medidas para reducir el déficit, como la rebaja del sueldo de los funcionarios, la congelación de pensiones y la eliminación del "cheque bebé". Un mes después, el Gobierno aprobó el decreto de medidas urgentes de reforma del mercado de trabajo.
Remodelación de Gobierno
El 20 se octubre, remodeló su Gobierno y nombró a Alfredo Pérez Rubalcaba vicepresidente primero. El 3 de diciembre, el Gobierno aprobó una serie de medidas anticrisis, como una rebaja fiscal a las pequeñas y medianas empresas, la subida del impuesto sobre el tabaco y la privatización parcial de la gestión de los aeropuertos y Loterías. Ese mismo día, los controladores aéreos abandonaron sus puestos de trabajo de manera inesperada y masiva y provocaron el cierre del espacio aéreo. Al día siguiente el Ejecutivo militarizó el servicio y decretó el estado de alarma por primera vez en democracia. El 2 de febrero de 2011 firmó junto al líder de la CEOE y los líderes de UGT y CCOO el acuerdo económico y social, que incluye, entre otras medidas, retrasar la edad de jubilación a los 67 años. Ese mismo mes, el Ejecutivo aprobó el real decreto ley para el reforzamiento del sistema financiero. Ya en marzo, el Gobierno limitó la velocidad en las carreteras a 110 kilómetros por hora dentro de un paquete de ahorro energético, asimismo, entró en vigor la ley de economía sostenible, de la cual formó parte la denominada "ley Sinde".
