A comienzos del año 2008 y debido al importante deterioro de la seguridad marítima por los actos de piratería, la comunidad internacional adoptó una serie de acciones para asegurar el tráfico marítimo en el Cuerno de África. La OTAN, la UE y la coalición de fuerzas marítimas combinadas (CMF), liderada por Estados Unidos, desplegaron misiones internacionales para luchar contra la piratería. Otros países como Rusia, China, Malasia, India, Japón, Australia, Irán, Turquía, Indonesia, Malasia y Arabia Saudí, decidieron actuar de forma unilateral enviando medios militares aéreos y navales a la zona.
El 10 de noviembre de 2008, el Consejo de la UE aprobó la Acción Común 851 que autorizaba, en apoyo de las resoluciones de la ONU, la realización de la operación Atalanta para luchar contra la piratería en aguas somalíes. La operación Atalanta también se autorizó para la disuasión, prevención y lucha contra los actos de piratería y robo a mano armada que tienen lugar frente a las costas de Somalia. Esta misión fue la primera operación marítima de la UE que se realiza en el marco de la Política Común de Seguridad y Defensa (PCSD).
El secuestro, en abril de 2008, del pesquero 'Playa de Bakio', puso de manifiesto que el problema de la piratería en Somalia era, no sólo una amenaza para la seguridad marítima internacional, sino también para los intereses nacionales en la zona, representados por la actividad pesquera de la flota atunera española en el Índico.
En consecuencia, el Consejo de Ministros ordenó la misión mediante acuerdo de 23 de enero de 2009, según el cual España contribuiría a Atalanta con un contingente máximo integrado por dos buques, un avión de patrulla marítima y hasta 395 efectivos.
En el año 2009 también se establecieron los nuevos cometidos de ‘Atalanta’ como contribuir a supervisar las actividades pesqueras frente a Somalia, cooperar con las organizaciones y Estados que luchan contra la piratería en especial con la CTF (Combined Task Force) 150 y asistir, cuando se desarrolle la capacidad marítima de Somalia, a las autoridades de ese país facilitando datos sobre la actividad pesquera.
España participa en esta operación de la UE desde enero de 2009 y somos , junto a Francia, los mayores contribuyentes a la misma con dos buques en los periodos intermonzónicos y uno en los monzónicos y un avión de patrulla marítima en permanencia basado en el destacamento de Djibouti.
Hasta ahora han participado en la misión las fragatas 'Victoria', 'Numancia', 'Canarias' , 'Navarra', 'Santa María', 'Méndez Nuñez', 'Reina Sofía' y 'Cristobal Colón', los patrulleros oceánicos 'Vencedora' , 'Infanta Cristina' e 'Infanta Elena' y el petrolero de flota 'Marqués de la Ensenada'. También han intervenido en la operación, los buques de asalto anfibio 'Galicia' y 'Castilla', el buque de aprovisionamiento de combate 'Patiño' y los buques de acción marítima 'Relámpago', 'Rayo', 'Meteoro' y 'Tornado'.
Según Resolución del CSNU 2077(2012), de fecha 21 de noviembre, se prorrogó por un periodo de doce meses las disposiciones de la Resolución 1897(2009) relativas a las autorizaciones para la lucha contra la piratería en las aguas frente a las costas de Somalia. Igualmente, el Consejo de la UE decidió prorrogar el mandato de la operación Atalanta hasta diciembre de 2014. Actualmente, existe una ampliación hasta 2016.
